Berk Partners komt voort uit het in 1974 opgerichte Berk Holding, de privé beleggingsmaatschappij van Ben Pon, bekend van familiebedrijf Pon Holdings – importeur in Nederland van onder meer de automerken Volkswagen, Audi en Porsche. In 1990 werd Berk Holding omgevormd tot een investeringsmaatschappij. Een van haar investeringsgebieden was private equity, het verstrekken van risicodragend vermogen aan niet-beursgenoteerde bedrijven.
Daar ook derden ((oud-)ondernemers en vermogende particulieren) interesse toonden, werd in 1992 Berk Partners opgericht. In dit fonds deden een twintigtal ondernemers en oud-ondernemers mee. Daarna volgden in 1998 de oprichting van Berk Partners II, in 2003 de start van Berk Partners III en vervolgens in 2010 Berk Partners IV. Sinds 2004 is Berk Partners een onafhankelijke investeringsmaatschappij.